Вплив ліків та добрив на роботу біофільтра.
Давайте уявимо звичайну, можна сказати чергову, ситуацію — у вас є чудовий акваріум, рибки красиві, обладнання, на яке ви не поскупилися, хороші лампи, чудовий зовнішній фільтр… Ідилія. І все б добре, та от із новою рибою раптом занесли іхтіофтиріоз. Ви дістаєте костапур, лікуєте всіх риб і вже коли, здавалося б, усі здорові, крапочок ні на кому не спостерігається, ви раптом на ранок виявляєте в акваріумі десяток трупів. Що, як, чому? Адже Ви все правильно зробили, так як же так могло статися, що вже практично вилікувані риби стали вмирати? І закрадається підступна думка — не інакше ліки погані, всіх моїх риб перетруїли! А насправді?
Що таке біофільтрація та нітрифікуючі бактерії нині знають усі. Отже, у вас є благополучний акваріум, заведений достатньо давно, щоб там повністю встановився 
біологічний баланс, рівні аміаку та нітритів близькі до нуля, рівень нітратів теж невеликий. І в цьому акваріумі виникає спалах, наприклад, іхтіофтиріозу, занесеного з новою рибою. Ми починаємо застосовувати ліки, але як вони при цьому впливають на інших мікроскопічних мешканців акваріума, наприклад тих же нітробактерій? Оскільки за своєю суттю всі ліки є отрутами, то безсумнівно, що вони справляють несприятливий вплив як на шкідливу, так і на корисну мікрофлору акваріума, якщо не вбиваючи її повністю, то сильно пригнічуючи розвиток. І саме це може бути причиною погіршення самопочуття риб уже після завершення курсу лікування, коли, здавалося б, небезпека вже минула.
Фактично всі медпрепарати так чи інакше пригнічують процес нітрифікації; ті, що пригнічують незначно, не такі небезпечні, але деякі діють дуже сильно, аж до повної зупинки процесу нітрифікації. Велика частина подібних препаратів пригнічує діє на колонії бактерій, які здійснюють процес біофільтрації, а це означає, що на час лікування риб ви погіршуєте або зовсім припиняєте біофільтрацію в акваріумі, і фільтр працює в цей період часу в режимі механічного очищення води. На жаль, різні джерела можуть наводити різний ступінь впливу для одного й того ж препарату, ймовірно, це може пояснюватися різними хімічними параметрами води, зокрема рН. У період лікування риб необхідно також пам’ятати, що багато окислювачів (KMnO4, метиленовий синій), майже всі антибіотики та сульфаміди смертоносні для бактерій азотного циклу.
Другий момент, пов’язаний із лікуванням акваріумних рибок, полягає в тому, що після проведення лікування якоїсь хвороби фільтр і фільтрувальні наповнювачі слід ретельно 
промити, причому тут уже шкодувати бактерії не потрібно. Річ у тім, що у фільтрі або його фільтрувальних наповнювачах часто залишаються залишки лікувальних препаратів, а також збудники хвороб, від яких ви якраз і намагалися позбутися. Залишки ліків заважають відновленню нормальної біофільтрації, збудники ж хвороб після припинення лікування можуть спровокувати повторний спалах недавнього захворювання у риб.
Таким чином, після застосування лікарських препаратів необхідно в обов’язковому порядку застосовувати бактеріальні культури для підтримання нормального функціонування процесу біофільтрації в акваріумі. Загалом, ролі не грає, сильний вплив справив препарат чи слабкий, краще все одно після закінчення лікування залити у воду препарат із бактеріями, а за тривалого лікування усвідомлено застосовувати його регулярно для підтримання функціонування біосистеми.
Є й ще один компонент потенційного впливу на ефективність нітрифікації в акваріумі — добрива та мікроелементи. Різні хімічні елементи та речовини по-різному, причому далеко не завжди негативно, впливають на мікрофлору акваріума, і це теж бажано враховувати. Нижче наведено найбільш часто використовувані мінеральні речовини й ліки та описано їхній вплив на процес нітрифікації в акваріумі.
Кальцій. Високий вміст кальцію важливий для обміну речовин Nitrosomonas, при нестачі кальцію ефективність нітрифікації знижується.
Магній. Вміст магнію важливий для бактерій групи Nitrobacter. Проте занадто високі дози (понад 75 мг/л) зменшують і окислення амонію, і нітритів.
Сульфат. Сульфати блокують нітрифікацію обох груп бактерій — і Nitrosomonas, і Nitrobacter.
Залізо. Залізо при концентрації 10 мг/л може сповільнити перетворення нітриту на нітрат, водночас підтримуючи окислення амонію в нітрит.
Калій. Калій позитивно впливає на процес окислення амонію в нітрити.
Фосфат. Добавка фосфат-іонів позитивно впливає на процес окислення амонію в нітрити.
Марганець. Марганець позитивно впливає на процес окислення як амонію, так і нітритів.
Хлорид. Хлорид позитивно впливає на окислення амонію та нітритів.
Молібден. Молібден позитивно впливає на окислення амонію та нітритів.
Кобальт. Кобальт негативно впливає на окислення нітритів до нітратів.
Мідь. Мідь негативно впливає на окислення нітритів до нітратів.
Цинк. Концентрація цинку від 0,48 мг/л негативно впливає на окислення нітритів до нітратів.
Таким чином, такі елементи та речовини, як фосфор, магній, кальцій і калій, а також особливо фосфати, відіграють велику позитивну роль для нормальної нітрифікації в акваріумі.
Проблеми з фільтрами. Впала потужність, потік зовнішній фільтр, фільтр шумить.
Матеріали для фільтрування води. Механічні маси, біоматеріал. 
